Первые официальные сведения о поселении, находившемся на территории нынешнего Богородского, встречаются в середине XVI века. В Переписной книге за 1550 год оно названо Алымово — вотчина князя Лыкова-Оболенского – сегодня о селе напоминает Алымова улица. Однако, в ходе раскопок, проведённых на территории района на берегу реки Яуза, был обнаружен культурный слой с красной керамикой, что даёт основания утверждать, что селение здесь существовало ещё за полтора-два века до первого упоминания в Переписной книге.

Непродолжительное время Алымовым владел Иван Грозный, в 1568 году подписал грамоту о пожаловании этих земель Чудову монастырю. К 1680 году на церковном кладбище была построена в честь Успения Святой Богородицы деревянная часовня (не сохранилась), с тех пор за селением прочно закрепилось название Богородицкого или Богородского. В эпоху Петра I здесь зародилось бумажное производство – первое в России. В начале XIX века Богородское окончательно стало государственным владением. С переводом крестьян на оброк начался новый этап в развитии территории. Они довольно быстро сумели выкупить землю; поделив её между собой, скоро распродали. С середины XIX века началось в Богородском строительство дач, которые пользовались большой популярностью у горожан. На дачах в Богородском жили Иван Шишкин, Пётр Чайковский, Александр Бородин, Милий Балакирев.

В 1876-1880 годах в селе была возведена деревянная церковь Спаса Преображения, сохранившаяся до наших дней. В 1879 году город и земство договорились о включении Богородского в черту Москвы. В 1886 году из Сокольников в Богородское проложили линию конно-железной дороги (стоимость проезда составляла 7 копеек), в 1912 году линия была реконструирована в трамвайную. В начале XX века район села Богородского, превратившийся в рабочий посёлок при заводе "Богатырь" (позднее переименованный в "Красный богатырь"), который выпускал изделия из резины.